1号线：线路标识色为“石榴红”。线路以“人文重庆”为文化主题。
2号线：线路标识色为“森林绿”。线路以“巴渝文化”为文化主题。
3号线：线路标识色为“琉璃蓝”。线路以“寻常百姓”为文化主题。
4号线：线路标识色为“太阳橙”。线路以“重庆艺文”为文化主题。
5号线：线路标识色为“浅葱蓝”。线路以“陪都溯踪”为文化主题。
6号线：线路标识色为“谦粉红”。线路以“巴山渝水”为文化主题。
10号线：线路标识色为“罗兰紫”。线路以“重庆记忆”为文化主题。
环线：线路标识色为“柠檬黄”。线路以“印象重庆”为文化主题。
9号线：线路标识色为“洋铁红”。线路以“民间文化”为文化主题。
根据《重庆市轨道交通客运服务标志设置标准》，重庆市轨道交通客运服务标志采用的颜色以潘通色卡为标准。其中，引导进站或换乘的标志基色应采用白色或线路识别色，引导出站的标志基色应采用黄色，确认设备设施位置的标志基色应采用灰色。
特色站点介绍
1号线烈士墓站：“抽象涂鸦艺术”，车站内的室内装饰画总面积达5000平方米，是中国国内最大的涂鸦地铁站，其室内涂鸦面积为全国第一。
2号线李子坝站：车站位于一幢居民楼的第八层，轨道和列车从楼中穿过。列车在该站穿楼而过的照片多次爆红网络。
1号线小龙坎站：“绿色森林浪漫”，在从站台到站厅，还有各个进出站口的踏步上，都被设计者们画上了“草坪”，像是一条绿色步道。
3号线江北机场T2航站楼站：“青花瓷中国风”，站内整个墙面只有白、蓝两色，圆形花纹围成的“盘子里”，“盘子里”绘上高楼大厦、跨江大桥、嘉陵江甚至连江上渔舟，素雅、清净。