边际成本和机会成本的区别是：1、两个成本有着本质的不同。2、机会成本与会计成本是两个不同的概念。3、定义不同。虽然都是属于成本但是两者实质上的区别还是有很多不同。
具体不同：
1、两个成本有着本质的不同
机会成本，在N个方案中，选其中一个方案而放弃其他方案所带来收益。机会成本又称为择一成本、替代性成本。机会成本对商业公司来说，可以是利用一定的时间或资源生产一种商品时，而失去的利用这些资源生产其他最佳替代品的机会就是机会成本。
边际成本指的是每一单位新增生产的产品（或者购买的产品）带来的总成本的增量。每投入1元所增加的成本。厂商每增加一单位产量所增加的成本，也就是MC=△TC／△Q。
2、机会成本与会计成本是两个不同的概念
会计成本计量有五种计量方式，即历史成本、重置成本、可变现净值、现值以及公允价值。通常情况下采用历史成本计量，即是指实际支付的货币成本。机会成本可能等于会计成本，也可能不等于会计成本。在完全竞争的条件下，机会成本等于会计成本；在商品（或生产要素）供应不足、实行配给的条件下，机会成本高于会计成本；在商品积压或要素闲置的条件下，机会成本低于会计成本，甚至为零。通常，在机会成本与会计成本不等的情况下，更多的是在机会成本高于会计成本的情况下，使用机会成本的概念。
边际成本增加一单位的产量（Output）随即而产生的成本增加，即称为边际成本。理论上讲边际成本表示当产量增加1个单位时，总成本的量（这个总成本包括固定和变动成本）。随着产量（Output）的增加，边际成本会先减少，这个概念表明每一单位的产品的成本与总产品量有关。
3、定义不同
边际成本=总成本的变化量（Changes in Total Cost）／产量变化量（Changes in Output）
假设“产量B”到“产量A”的总成本从“成本B”变成“成本A”
那么边际成本=（成本A-成本B）／（产量A-产量B）
=【（变动成本A+固定成本）-（变动成本B+固定成本）】／（产量A-产量B）
=（变动成本A-变动成本B）／（产量A-产量B）
又假设产量A=0，（意义就是就算你不生产产品，固定成本一样要支出）
那么边际成本=变动成本／产量=单位变动成本
这里说明边际成本是经营成本中变动的部分。
而机会成本是在决策变动的时候得到某种东西而所要放弃另一些东西的最大价值。