年底双薪可以按照年综合所得来计算个人所得税，即把年底的双薪和年度工资算入年综合所得，按照年综合所得减去起征线减去专项附加扣除减去社保扣除再乘税率来计算应缴纳的个人所得税。年底双薪是指企业按照劳动合同和薪酬制度向员工个人多发放一个月工资（十三薪）。
年底双薪的个人所得税计算：在实务中，计算“年底双薪”需要区别以下两种情形：1、只有年底双薪，没有年终奖等一次性奖金。年底双薪可以按全年一次性奖金计税办法计算个税，也可以根据筹划，不选择全年一次性奖金计税办法，并入综合所得，并入发放当月的工资薪酬，将“年底双薪”除以12，按其商数确定适用税率和速算扣除数来计算缴纳个人所得税。
2、既有年底双薪又有年终奖等一次性奖金。根据国税发9号文第三条规定，在一个纳税年度内，对每一个纳税人，该计税方法只允许采用一次。
因此两者选其一按全年一次性奖金计税办法计算个税，另一个则并入发放当月的工资薪酬所得计税。当然也可以根据筹划，将年底双薪与年终奖合并，按全年一次性奖金计税办法计算个税。